Des résultats positifs démontrent que les efforts mobilisés depuis 30 ans sur les traitements de la pollution domestique et industrielle (pollution dite “classique”) portent leurs fruits (gain de 10 points en 4 ans). Ils restent insuffisants sur certains secteurs très localisés (quelques très petits cours d’eau de plaines calcaires de Lorraine et de la plaine d’Alsace), pour lesquels la qualité de l’eau peine à s’améliorer.

En terme de qualité biologique et hydromorphologique, révélatrice de l’état de la biodiversité des cours d’eau, le constat est plus modéré mais reste optimiste. La qualité biologique est appréciée sur la base de l’examen de l’état des communautés biologiques aquatiques : poissons, algues et micro-organismes. Elle est un élément très sensible et très dépendant des autres paramètres comme la physico-chimie et l’hydromorphologie.

Concernant la qualité du lit et des berges et la continuité écologique, un récent recensement comptabilise près de 7 000 ouvrages situés dans le lit des cours d’eau, dont 1 250 barrages et plus de 3 300 seuils. Toutes les énergies mobilisées ces dernières années sur la renaturation des berges et les effacements d’ouvrages (et ceux à venir) laissent présager que les résultats des prochaines années n’auront de cesse de s’améliorer.
Pour les eaux souterraines, nitrates et pesticides demeurent les principales causes de pollution. C’est surtout dans les zones agricoles, là où se conjuguent une importante proportion de surfaces cultivées et une fragilité des eaux souterraines que sont observés des excès de nitrates et de pesticides. 5% des points de suivi en eaux souterraines présentent des teneurs excessives en nitrates et 3% en pesticides. Même si depuis 10 ans leur présence n’augmente pas dans les eaux souterraines, elle ne diminue pas pour autant. Et pour cause, le taux de renouvellement des nappes est très long : en témoigne l’atrazine qui, bien qu’interdite depuis 2003, reste encore quantifiée dans la moitié des analyses réalisées. Ce facteur ne doit cependant pas occulter les nombreux efforts déjà entrepris par la profession agricole et qui doivent être plus que jamais poursuivis.